Zones humides : le Conseil d'État annule un arrêté et relance le débat

Le lundi 2 mars 2026, le Conseil d'État rendait une décision que les associations environnementales attendaient depuis dix-huit mois. La plus haute juridiction administrative française annulait l'arrêté ministériel du 3 juillet 2024, qui avait assoupli les règles de création de plans d'eau dans les zones humides françaises. Un arrêté discret, passé presque inaperçu dans la presse généraliste, mais qui portait des enjeux considérables pour des millions d'hectares d'écosystèmes.

Pour comprendre la décision du Conseil d'État, il faut revenir sur ce que l'arrêté annulé autorisait précisément. Le texte du 3 juillet 2024 prévoyait que la création de plans d'eau, naturels ou artificiels, d'une superficie inférieure à un hectare puisse être dispensée du respect de certaines obligations en matière de protection des zones humides, au titre de la nomenclature IOTA (Installations, Ouvrages, Travaux et Activités soumis à la loi sur l'eau).

Concrètement, un agriculteur ou un propriétaire foncier souhaitant créer une retenue collinaire, une mare artificielle pour l'irrigation, ou un étang de pêche sur une parcelle humide de moins d'un hectare n'aurait plus eu à respecter certaines prescriptions environnementales habituellement applicables. Ces prescriptions visent à compenser ou limiter la destruction de zones humides, notamment via des études d'impact et des mesures compensatoires.

Le gouvernement Attal présentait cette mesure comme une simplification administrative pour les petits porteurs de projet. Les défenseurs des zones humides y voyaient un détricotage silencieux des protections acquises de haute lutte.

Le fondement juridique de l'annulation est le principe de non-régression environnementale, inscrit dans la loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages. Ce principe pose une règle simple mais structurante : sauf disposition législative contraire, le niveau de protection de l'environnement ne peut être amoindri.

La formulation est précise. Un arrêté ministériel ne peut pas réduire le niveau de protection environnementale. Seul le législateur, c'est-à-dire le Parlement, peut décider d'une telle régression, et encore sous conditions. Le gouvernement Attal avait tenté de contourner ce principe par un texte réglementaire, sans base législative suffisante. Le Conseil d'État l'a sanctionné sur ce fondement exact.

La décision (n° 497009, 497839, 497885) précise que les nouvelles règles "ne respectent pas le principe de non-régression environnementale posé par la loi du 8 août 2016, en vertu duquel le niveau de la protection de l'environnement ne peut, sauf disposition législative, être amoindri".

La requête avait été déposée par plusieurs organisations : France Nature Environnement (FNE), Eau et Rivières de Bretagne, Sources et Rivières du Limousin, ANPER-TOS, la Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO) et l'Association Française d'Étude et de Protection des Poissons (AFEPP).

Ce panel d'associations couvre à la fois les enjeux nationaux (FNE, LPO) et les spécificités régionales (Bretagne, Limousin, deux des territoires français où les zones humides sont à la fois les plus riches et les plus menacées par les pressions agricoles). L'AFEPP apporte quant à elle une dimension spécifiquement halieutique : les zones humides sont des nurseries et des frayères essentielles pour les poissons d'eau douce.

Le cabinet Gossement Avocats, qui a analysé la décision en détail, souligne que le Conseil d'État rappelle ainsi "qu'il n'y a pas de régression possible" dans la protection des zones humides, qualifiées d'entités ayant "un rôle essentiel en matière environnementale".

La décision du Conseil d'État intervient dans un contexte de déclin documenté. La France a perdu environ 67 % de ses zones humides depuis le début du XXe siècle, selon les estimations de l'Office Français de la Biodiversité. Le rythme de destruction s'est certes ralenti depuis les années 1990, mais le recul continue.

Ces écosystèmes rendent des services que leur disparition rend soudainement visibles. Ils régulent les crues en absorbant les excès d'eau lors des épisodes pluvieux intenses. Ils filtrent les nitrates et les pesticides avant que les nappes phréatiques ne soient contaminées. Ils constituent des réservoirs de biodiversité exceptionnels : une zone humide représente en moyenne cinq fois plus d'espèces au mètre carré qu'un milieu terrestre comparable.

Dans un contexte de multiplication des épisodes de crues, comme ceux de février 2026, et de sécheresses estivales répétées, la destruction de zones humides n'est plus seulement une question de biodiversité : c'est une question de résilience du territoire.

L'annulation de l'arrêté remet en place le cadre antérieur au 3 juillet 2024. Les projets de plans d'eau en zones humides, même inférieurs à un hectare, doivent à nouveau respecter les prescriptions IOTA classiques.

Pour les porteurs de projets agricoles ou récréatifs qui avaient planifié des retenues sur la base du régime assoupli, la situation crée une insécurité juridique immédiate. Un agriculteur qui avait obtenu un permis d'aménagement pour une mare de 0,8 hectare destinée à l'irrigation entre août 2024 et février 2026 se retrouve dans une zone grise : l'autorisation était légale au moment de sa délivrance, mais invalide rétroactivement. Les études d'impact réglementaires, coûteuses et longues (souvent 6 à 9 mois), devront être reprises pour les dossiers en cours d'instruction. Les collectivités territoriales qui avaient engagé des travaux de retenue collinaire, notamment en Nouvelle-Aquitaine et Occitanie (régions confrontées à des déficits hydriques chroniques), doivent revoir leurs calendriers de financement.

Les autorisations accordées entre juillet 2024 et mars 2026 sur le fondement de l'arrêté annulé devront faire l'objet d'un examen au cas par cas. Certains projets pourraient devoir être reconsidérés. Les associations environnementales demandent des suites pénales envers les demandeurs qui auraient volontairement contourné le précédent cadre réglementaire.

Le Ministère de la Transition écologique n'a pas communiqué immédiatement sur les suites à donner. La question se posera de savoir si une base législative peut être construite pour permettre certains aménagements sous condition (par exemple, les petites retenues en contexte de déficit hydrique climatique), ou si la non-régression doit être maintenue intégralement. Le risque politique est réel : les agriculteurs et collectivités affectés pourraient demander une compensation ou une aide à la transition.

Au-delà du cas des plans d'eau, la décision du 2 mars 2026 consolide le principe de non-régression comme un outil juridique effectif entre les mains des associations environnementales. C'est la troisième fois en trois ans que le Conseil d'État l'invoque pour annuler des textes réglementaires qui réduisaient des protections environnementales acquises.

Ce développement jurisprudentiel a des implications pour plusieurs dossiers en cours. La question des zones de non-traitement aux pesticides, les modalités des études d'impact pour les projets de terrassement, ou encore les règles d'artificialisation des sols : toute tentative de réduction par voie réglementaire de protections existantes est désormais exposée au même risque d'annulation.

Pour les associations environnementales, c'est une arme dont elles apprennent à manier la précision. Pour les gouvernements successifs, c'est une contrainte qui impose de passer par le Parlement pour toute réforme substantielle du droit de l'environnement.

Pour en savoir plus sur la protection des zones humides et les politiques environnementales françaises : Zones humides : disparition et protection en France, Biodiversité urbaine et nature en ville, Bilan de la loi Climat et Résilience trois ans après.

• Conseil d'État annule les nouvelles règles de création de plans d'eau - Conseil-etat.fr
• Plans d'eau en zone humide : annulation pour non-régression - Actu-Environnement
• Principe de non-régression - Cabinet Gossement Avocats
• Protection des zones humides : pas de régression possible - FNE Occitanie Pyrénées
• Annulation de l'arrêté facilitant les plans d'eau en zones humides - La France Agricole