Biodiversité des sols : vers de terre, microbiome et menaces

Sous chaque mètre carré de prairie française vivent en moyenne 421 vers de terre, des milliers d'espèces de champignons et plusieurs milliards de bactéries. La biodiversité des sols abrite un quart de la diversité vivante de la planète — et reste pourtant l'une des plus méconnues, des plus mal protégées et des plus rapidement dégradées.

En 2025, la situation s'est encore aggravée. Le rapport Les Sols en France — État des connaissances 2025, publié par le Service des données et études statistiques du ministère de la Transition écologique, dresse un bilan préoccupant : contamination aux pesticides généralisée, perte de matière organique, artificialisation accélérée. Ce qui se passe sous nos pieds détermine pourtant la qualité de notre alimentation, la régulation du cycle de l'eau et le stockage du carbone atmosphérique.

Un gramme de sol agricole contient entre 100 millions et 1 milliard de bactéries, plusieurs kilomètres de filaments fongiques et des centaines de milliers de protozoaires. La masse vivante totale présente dans un hectare de prairie peut dépasser 10 tonnes — davantage que la biomasse des animaux qui pâturent à la surface.

Les vers de terre sont l'indicateur le plus visible de cette vie souterraine. En France métropolitaine, les sols agricoles en contiennent en moyenne 223 individus par m² dans les parcelles cultivées, contre 421 dans les prairies permanentes et seulement 163 dans les vignobles (source : programme RMQS — Réseau de Mesures de la Qualité des Sols, INRAE). Ces chiffres masquent une disparité régionale forte : les sols du Bassin parisien intensivement cultivés en montrent parfois moins de 50.

Les vers de terre remplissent trois fonctions critiques :

1. Fragmentation de la matière organique : ils ingèrent les résidus végétaux et les transforment en humus, la fraction la plus stable et la plus fertile du sol.
2. Bioturbation : en creusant leurs galeries (jusqu'à 3 mètres de profondeur pour certaines espèces), ils aèrent le sol, améliorent son drainage et facilitent la pénétration des racines.
3. Activation microbienne : leur transit digestif libère des nutriments assimilables par les plantes et stimule l'activité des bactéries et des champignons.

Le microbiome du sol — l'ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons, archées, virus) — est encore plus actif. Il décompose la matière organique, fixe l'azote atmosphérique, produit des antibiotiques naturels qui protègent les plantes des pathogènes, et régule les émissions de gaz à effet de serre. La biomasse microbienne moyenne des sols français s'établit à 61 microgrammes de carbone microbien par gramme de sol, avec des variations importantes selon l'usage (81 µg/g en prairie, 27 µg/g en vignoble).

Les pesticides : un tournant réglementaire chaotique en 2025

Les pesticides restent la principale menace directe sur les populations de vers de terre et le microbiome. Dans certaines régions françaises, les populations de lombrics ont reculé de 30 à 50 % dans les décennies suivant l'intensification agricole, selon une méta-analyse publiée dans PLOS ONE.

L'année 2025 a marqué un tournant réglementaire paradoxal. La loi Duplomb, promulguée le 11 août 2025, a supprimé plusieurs mesures de protection environnementale, dont des restrictions d'usage de pesticides jugées nuisibles à la compétitivité agricole. Quelques jours plus tard, le 3 septembre 2025, la Cour administrative d'appel de Paris a condamné l'État français pour avoir manqué à son obligation d'évaluer la toxicité des pesticides sur les vers de terre et les espèces « non cibles » — un arrêt qui crée une jurisprudence importante.

Cette contradiction entre un texte législatif assoupli et une décision judiciaire sévère illustre la tension qui traverse la politique agricole française.

La compaction des sols

L'augmentation de la taille et du poids des engins agricoles (une moissonneuse-batteuse moderne peut peser 30 tonnes) compacte les couches superficielles et profondes du sol, réduisant la porosité et détruisant les galeries des vers de terre. La compaction est difficile à réverser sans travail du sol spécifique, et elle aggrave le ruissellement et l'érosion.

L'artificialisation

En France, l'artificialisation des sols (constructions, routes, parkings) détruit définitivement toute vie souterraine sur les surfaces concernées. Le rythme national — environ 20 000 hectares par an selon le Cerema — représente autant de sols biologiquement actifs stérilisés chaque année. La loi Climat et Résilience (2021) vise le « zéro artificialisation nette » à l'horizon 2050, mais les effets concrets restent lents à se manifester.

Le changement climatique

La hausse des températures modifie les équilibres microbiens du sol. Une augmentation de 2 °C accélère la décomposition de la matière organique et peut transformer les sols tempérés en sources nettes de CO₂, là où ils étaient jusqu'ici des puits de carbone. Les sécheresses répétées réduisent l'activité et la survie des vers de terre, particulièrement sensibles à la dessiccation.

Le rapport ministériel 2025 révèle plusieurs signaux d'alerte :

• Matière organique : le taux d'humus est en légère baisse sur les sols cultivés en grande culture intensive, stable ou en hausse sous prairies permanentes.
• Contamination : des résidus de pesticides sont détectés dans la quasi-totalité des sols agricoles analysés, avec des mélanges de molécules dont l'effet cocktail sur la faune souterraine est encore mal documenté.
• Érosion : entre 0,5 et 1 tonne de sol perdue par hectare et par an en moyenne nationale, avec des pics à 10-20 tonnes dans les zones de grande culture sans couverture hivernale.

Face à ce constat, plusieurs approches émergent pour restaurer la vie des sols.

L'agriculture régénératrice regroupe un ensemble de pratiques : couverture permanente des sols (couverts végétaux en interculture), réduction drastique du travail du sol, incorporation de matière organique (compost, fumier), introduction de légumineuses dans les rotations. Des études menées en France par l'INRAE montrent qu'un sol passé de la grande culture conventionnelle à l'agriculture régénératrice peut retrouver en cinq à dix ans des niveaux de biomasse lombricale comparables aux prairies.

Le label Haute Valeur Environnementale (HVE), délivré par le ministère de l'Agriculture, inclut des critères sur la biodiversité et les pratiques phytosanitaires, mais il ne porte pas directement sur la qualité biologique des sols — une limite régulièrement signalée par les associations environnementales.

Les zones humides et prairies permanentes sont les meilleurs refuges pour la faune des sols : leur préservation est désormais soutenue par des éco-régimes dans la PAC 2023-2027, même si les montants restent jugés insuffisants par les observateurs.

Ce constat rejoint les alertes sur le déclin des pollinisateurs en Europe : la santé des sols et la santé des insectes sont deux facettes d'une même crise de la biodiversité agricole. Les enjeux systémiques sont analysés dans notre bilan des faits marquants environnementaux de 2025.

• Statistiques développement durable — Les Sols en France, état des connaissances 2025
• E-biom — L'importance de la biodiversité des sols
• France Nature Environnement — Sols : enjeux et solutions en France
• Le Jardin Vivant — Vers de terre : le gouvernement plonge le sol dans le chaos (2025)
• INRAE — Réseau de Mesures de la Qualité des Sols (RMQS), données 2024

Le sol n'est pas un simple substrat inerte : c'est un écosystème vivant dont dépend la production alimentaire mondiale, le cycle de l'eau et le stockage du carbone. En France, cet écosystème est sous pression croissante — des pesticides, de la compaction, de l'artificialisation et du changement climatique. La bonne nouvelle est que les sols se reconstituent lorsqu'on leur en laisse la possibilité : l'agriculture régénératrice et la préservation des prairies permanentes montrent que la restauration est possible, à condition d'en faire une priorité de politique agricole.