Antibiorésistance environnementale : la menace invisible dans nos eaux

En 2050, les infections à bactéries résistantes aux antibiotiques pourraient tuer 10 millions de personnes par an dans le monde, dépassant le cancer comme cause de mortalité. C'est la projection de la Commission sur la résistance aux antimicrobiens mandatée par le gouvernement britannique, reprise par l'OMS. Le chiffre circule depuis des années dans les rapports médicaux.

Ce qu'on discute moins, c'est que cette menace a une dimension environnementale massive et largement sous-estimée. Les bactéries résistantes ne se développent pas seulement dans les hôpitaux et les élevages intensifs. Elles se propagent, échangent des gènes de résistance, et colonisent les milieux naturels : rivières, sols agricoles, sédiments côtiers. L'environnement est un réservoir de résistances antimicrobiennes qui évolue indépendamment des pratiques médicales et vétérinaires. Et on le surveille très insuffisamment.

Le circuit est plus direct qu'on ne le pense. Un patient prend un antibiotique. Son organisme l'absorbe partiellement, métabolise une fraction, et excrète le reste sous forme active ou partiellement dégradée dans les urines et les fèces. Ces résidus partent dans le réseau d'assainissement. Les stations d'épuration actuelles, dimensionnées pour traiter la matière organique et les nutriments, ne sont pas conçues pour éliminer les résidus pharmaceutiques : selon les molécules, 20 à 90 % des antibiotiques passent à travers les STEP conventionnelles et se retrouvent dans les eaux de surface.

Dans les élevages intensifs, les antibiotiques sont utilisés en grandes quantités pour la prévention des maladies et la promotion de la croissance. Une partie significative est excrétée dans les lisiers qui, épandus sur les champs, contaminent les sols puis les eaux de ruissellement et les nappes phréatiques.

L'ANSES a publié une revue pionnière documentant la présence de résidus antibiotiques dans les eaux de surface françaises. La contamination est mesurable, variable selon les bassins versants et les saisons, plus concentrée en aval des zones d'élevage intensif et des rejets hospitaliers. L'amoxicilline, l'antibiotique le plus prescrit en France, a été proposée en 2025 pour une surveillance renforcée des milieux aquatiques.

Voici ce qui rend la dimension environnementale particulièrement inquiétante. Dans un milieu contenant des concentrations sub-létales d'antibiotiques, les bactéries sensibles meurent ou sont inhibées. Les bactéries qui portent des gènes de résistance, même si elles ne sont pas initialement pathogènes, survivent et se multiplient. C'est une sélection darwinienne accélérée par la pollution anthropique.

Ce qui complique tout : les bactéries échangent des gènes de résistance entre elles par des mécanismes de transfert horizontal (plasmides, transposons). Une bactérie du sol inoffensive peut "donner" son gène de résistance à une bactérie pathogène lors d'un contact fortuit. L'environnement agit comme une bourse d'échange génétique : les gènes de résistance y circulent entre espèces bactériennes sans lien avec les pratiques médicales humaines.

Des études récentes documentent la présence de gènes de résistance aux antibiotiques dans des environnements très éloignés de toute activité humaine : glaces arctiques, fonds marins, forêts primaires. Certes à des concentrations faibles, mais la présence elle-même démontre la portée globale de la dissémination.

La dimension climatique s'ajoute à la dimension de pollution directe. Les événements hydrologiques extrêmes redistribuent les contaminants dans l'environnement de façon imprévisible.

Les crues intenses, qui ont touché plusieurs régions françaises en février 2026, remettent en suspension des sédiments chargés de bactéries résistantes accumulées au fond des cours d'eau. L'eau de crue contamine des sols agricoles, des puits, des captages d'eau potable qui normalement n'y sont pas exposés. L'inondation est un événement de distribution massive de contaminants biologiques.

Les sécheresses créent l'effet inverse : la concentration des eaux de surface augmente, les rejets de STEP sont moins dilués, les conditions de température favorisent la croissance bactérienne. La question des microplastiques dans l'eau potable s'ajoute à ce tableau de contamination des milieux aquatiques. Les mois d'été avec faibles débits sont les périodes où les concentrations en résidus antibiotiques dans les rivières françaises atteignent leurs niveaux les plus élevés.

La résistance antimicrobienne environnementale s'inscrit dans le cadre conceptuel "One Health" ou "Une seule santé" : santé humaine, santé animale et santé des écosystèmes sont interconnectées et doivent être gérées de manière intégrée.

La France s'est dotée en 2016 d'un plan national "Ecoantibio" pour réduire l'usage des antibiotiques en médecine vétérinaire. Les résultats sont réels : la vente d'antibiotiques vétérinaires a diminué de plus de 45 % entre 2011 et 2022 selon le bilan Anses-DGER. C'est significatif, mais le plan a longtemps ignoré la dimension environnementale de la surveillance et du traitement.

La directive (UE) 2024/3019 sur le traitement des eaux usées, qui impose à l'industrie pharmaceutique de financer 80 % des coûts de modernisation des STEP pour l'élimination des micropolluants, est précisément conçue pour réduire les rejets de résidus médicamenteux dans les eaux. C'est une étape nécessaire. Mais l'objectif de traitement quaternaire pour les grandes stations ne s'appliquera qu'à partir de 2045 pour les stations de plus de 150 000 équivalents-habitants. Un délai très long à l'échelle de la menace.

La surveillance française des milieux aquatiques mesure depuis plusieurs années la présence de substances pharmaceutiques dans les cours d'eau. Les données sont préoccupantes dans les bassins très urbanisés et en aval des zones d'élevage intensif. La fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) a compilé les données disponibles sur la pollution antibiotique des eaux de surface françaises et européennes.

La situation est comparativement moins grave en France qu'en Inde, en Chine ou même en Espagne, qui figure parmi les pays européens avec les plus hauts niveaux de détection. Mais "moins grave que la Chine" ne signifie pas "sous contrôle". Les seuils à partir desquels la sélection de bactéries résistantes se produit sont très inférieurs aux concentrations provoquant une toxicité aiguë chez les organismes aquatiques.

Ce qui manque encore en France : un réseau de surveillance systématique des gènes de résistance antimicrobienne (ARG) dans les eaux de surface, comparable à ce qui se développe au Royaume-Uni et aux Pays-Bas. La qualité de l'eau potable est bien surveillée, mais les ARG ne font pas encore partie des paramètres suivis de façon systématique dans les masses d'eau.

La résistance antimicrobienne environnementale est un problème systémique qui ne se résout pas par des gestes individuels. Mais certains comportements ont un impact mesurable.

Ce qui est utile :

• Rapporter les médicaments non utilisés en pharmacie. En France, le système Cyclamed collecte les médicaments non utilisés pour les détruire de façon contrôlée, évitant leur dilution dans les ordures ménagères et les eaux d'infiltration de décharges.
• Ne pas jeter de médicaments dans les toilettes ou l'évier.
• Respecter les prescriptions médicales (ne pas arrêter une antibiothérapie avant la fin, ne pas conserver des antibiotiques pour une "prochaine fois") : une antibiothérapie incomplète favorise précisément la sélection de bactéries résistantes.

Ce qui ne sert à rien à titre individuel mais relève des politiques publiques : la réduction des rejets hospitaliers et industriels, la modernisation des STEP, la surveillance des eaux de surface. Ce sont des leviers systémiques qui dépendent des investissements publics et de la réglementation.

• ANSES : Revue pionnière sur la résistance aux antimicrobiens dans l'environnement
• Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité : Pollution antibiotique des eaux de surface
• CNRS Terre et Univers : Antibiorésistance et environnement, l'approche des sciences de la Terre
• Notre-Environnement.gouv.fr : L'antibiorésistance, c'est aussi une affaire d'environnement
• OMEDIT Normandie : Résidus médicamenteux dans l'eau, note technique janvier 2026